Santoso meraih gelar Magister dari Universitas Indonesia di bidang Ekonomi. Beliau memulai karirnya sebagai peneliti di Pusat Kajian Sumber Daya Pesisir dan Laut, IPB. Saat ini beliau sebagai Direktur Eksekutif di Artikel 33 Indonesia. Beliau juga menjadi Dewan Pakar di PSPK.